Fundus stare knjižnice čine 2.398 knjiga (oko 1700 naslova) tiskanih u razdoblju od kraja XV. st. do 1850. godine. Posebice su dobro zastupljene knjige propovijedi, brojna teološko-filozofska djela na latinskome, grčkome, talijanskome, njemačkome, francuskome, mađarskome te po nekoliko djela na hebrejskome, aramejskome, turskome, arapskome i drugim jezicima.
Osim toga nalazi se tu mnoštvo rječnika, leksikona te gramatika latinskoga, grčkoga, turskoga, talijanskoga, njemačkoga i drugih jezika kojima su se franjevci služili kako bi savladali te jezike. U knjižnici su zastupljena djela koja se bave liječništvom i medicinom te medicinske enciklopedije. Ipak, najveći je broj knjiga iz teologije, filozofije, filologije, a potom i priručnika crkvenoga prava i povijesti Crkve. Navedene su knjige različita formata. Misali i svetopisamske knjige te temeljna djela iz teologije, moralke i filozofije velikog su formata, a rabile su se isključivo u knjižnici ili unutar samostana. Manjeg su formata brevijari, molitvenici i crkveni nauci ili katekizmi te različiti teološki priručnici koji su zbog svojega malog formata bili lako nosivi pa su ih franjevci nosili sa sobom na duga putovanja.
Što se sadržaja tiče, riječ je o vrijednim djelima prvih kršćanskih pisaca, crkvenih naučitelja, znamenitih srednjovjekovnih povjesničara, teologa, filozofa i rimskih pjesnika. Tako knjižnica posjeduje jednu (1) inkunabulu; riječ je o djelu Nicolausa Dorbellusa (Commentarius in IV sententiarum libros Petri Lombardi). Knjizi nedostaje naslovna stranica, po nekoliko stranica na početku i na završetku knjige pa se godina tiskanja ovoga izdanja ne može točno utvrditi, no zna se da je Dorbellus Komentare završio 1465. godine. Najstarije datirano djelo jest Laktancijev Divinarum institutonum, tiskano u Venciji 1502., potom Stacijeve Sylvae (Venecija, 1508.), Tertulijanov Apologeticus (Venecija, 1515.). U knjižnici se mogu naći djela velikih crkvenih pisaca: svetoga Jeronima, Ambrozija, Ivana Zlatoustoga, Euzebija, Dionizija, Augustina, Grgura Velikoga i dr.
Početkom XVII. st. bosanskohercegovački franjevci svoja djela tiskaju na narodnome jeziku, hrvatskom ćirilicom i latinicom u talijanskim tiskarama. Stoga se u knjižnici mogu naći djela Matije Divkovića (Nauk krstjanski za narod slovinski, Venecija, 1611., tzv. Veliki nauk i nekoliko izdanja tzv. Maloga nauka), Ivana Bandulavića (Pisctole i evanjđelja, 1613.) Pavla Posilovića (Naslađenje duhovno, 1639. i 1682.), Stipana Margitića (Ispovid krstjanska, 1707.), Ivana Ančića (Luč krstjanska, Ogledalo misničko, 1681.), Tome Babića (Czvyt razlika mirisa duhovnoga, 1759.), Marka Dobretića (Kratko skupgliegne chiudoredne bogoslovicze, 1782.), Augustina Miletića i dr.
Istaknuto mjesto u knjižnici zauzima dio medicinske ostavštine fra Mihovila Sučića, prvoga diplomiranog kirurga Provincije Bosne Srebrene (diplomirao 1851. u Padovi). Među njima se ističe Anatomie elementaire, anatomski atlas tiskan litografijom u Bruxellesu 1838., kao i dvadesetak svezaka medicinske enciklopedije na talijanskome jeziku.
Iz bogatoga knjižničnog fundusa treba spomenuti Biblije, misale, brevijare i svetopisamske knjige kojih ima više od trideset pet. Posebno izdvajamo trojezičnu Bibliju tiskanu na grčkome, hebrejskome i latinskome jeziku u Antwerpenu 1527. pod nazivom Sacrorum Bibliorum libri – Ketubim – Agiografoi – Sancti libri (samo 3. svezak), te Glagoljski misal, Venecija, 1631., pa Rimski misal tiskan glagoljicom iz 1741., koji je bio u vlasništvu posljednjega livanjskog popa glagoljaša don Joze Ivkovića iz Zagoričana, kao i Glagoljski brevijar iz 1791. Među inim nalazi se i prvi prijevod Svetoga pisma na hrvatski jezik Petra Matije Katančića tiskanoga u Budimu 1831. godine.
Svoje mjesto u knjižnici pronašla su i tri pretiska vrijednih bosanskohercegovačkih kodeksa (rukopisnih liturgijskih knjiga) s početka XV. st. čiji se originali danas čuvaju u Italiji i Turskoj. Tako se Hrvojev misal – pisan glagoljicom – nalazi u Carigradu, Hvalov zbornik – hrvatskom ćirilicom – u Bologni, a Novum Testamentum Bosniacum Marcianum (prije poznatiji pod nazivom Mletački zbornik) – pisan također hrvatskom ćirilicom ili bosanicom – nalazi se u Knjižnici sv. Marka u Veneciji.
Zahvaljujući Ministarstvu kulture Republike Hrvatske dio knjiga iz stare knjižnice, najugroženijih i najvrjednijih, obnovljen je i zaštićen u hrvatskim restauratorskim zavodima u Zagrebu i Splitu.